彭利红教授课题组《Journal of Cellular and Molecular Medicine》：SEnSCA：识别潜在的配体-受体相互作用及其在细胞-细胞通讯推断中的应用

多细胞生物与细胞活动的协调有着密切的联系。这些活动严重依赖于不同细胞类型之间的细胞-细胞通讯(CCC)。细胞通过与其他细胞的交流来完成它们的功能。CCC通常通过配体-受体相互作用(LRI)介导。因此，CCC是许多生物过程的基础，如：细胞增殖、迁移、体内平衡和命运决定，它在完成细胞功能和维持组织稳态中起着关键作用。

该论文介绍了用于发现潜在的LRI和计算细胞间通讯强度的框架SEnSCA。

 作者通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组数据开发了一个全面的CCC分析工具SEnSCA。SEnSCA主要包含潜在LRI获取和CCC强度评估。SEnSCA首先提取LRI特征并降维，然后通过K-means聚类构建负LRI样本，最后基于支持向量机、1维卷积神经网络和多头注意机制组成的堆栈集成学习模型获取潜在LRI。在CCC强度评估中，SEnSCA进行LRI过滤，然后结合三点估计法和单细胞RNA测序数据推断CCC。SEnSCA在大多数情况下计算出更好的精度、召回率、准确度、F1分数、AUC和AUPR，并通过热图、气泡图和网络图以细胞通讯结果进行可视化。

在线体育投注beat365周立前为本论文第一作者；在线体育投注beat365计算机学院文鸿和彭利红为论文的通讯作者；该工作得到了国家自然科学基金委等方面的资助。

原文链接：https://link.springer.com/article/10.1007/s12539-024-00619-w